事実、航空機燃料税に消費税は課税されていません。
「税金に税金はかからない」と説明出来ないところに消費税のややこしさがあるようです・・・。
税法上、明確に除外規定はないそうですが、次のような取り扱い基準上非課税となっていると説明されています。
  まず消費税法基本通達10-1-11(個別消費税の取扱い)で、「消費税法第28条第1項(課税標準)に・・・揮発油税、石油税・・等が含まれるが、軽油引取税・・・は、利用者等が納税義務者となっているのであるから・・・含まれない・・・。・・・。
つまり、納税義務者が譲渡者の場合は課税対象となり、譲受者の場合は非課税となる。
したがって、航空機燃料税の場合、納税義務者は、移入者すなわち譲受者なので非課税である。