原則として、航空機燃料税の納税地は航空機燃料(以下燃料)の積み込み又は取卸しの場所です。
従いまして、航空機燃料税の納税申告書は管轄税務署ごとに作成します。別々の15空港で転々と給油された場合15部作成し15箇所に申告することとなります。
しかし、納税義務者のうちには、燃料の航空機への積込みが納税義務者の事務所や駐在員のいない場所において行われることが多く、この場合には、燃料の積込みに関する書類も通常は本社等で管理されているでしょう。
このような場合に、航空機燃料税の納税地を現実の燃料の積込み又は取卸の場所とすることは、納税義務者にとっても、税務当局にとっても現実的ではなく、その実行も困難です。
そこで、国税庁長官の承認を受けたときは、その承認を受けた場所を納税地とする特例が設けられたそうです。 
この特例を、納税地特例と言っています。
そしてこの場所が、特例納税地です。
具体的な違いは、航空機燃料税申告書の「納税地」欄が全国どこの空港で給油しても承認場所となり、「積込み場所」欄に税務署管轄にかかわりなく、給油した空港を全部記載し数量を合計して申告できることです。