以下のQ＆Aはちょっと気になる素朴な疑問にお答えするという目的で作られております。
したがいまして、実際に手続き等される場合は、必ず前もって税務署にご確認ください。
（2013年現在）

Q1アメリカで給油して日本に戻って来たとして、アメリカで給油した分の燃料に航空機燃料税は課税されないの?

航空機燃料税法7条によると外国往来機の場合、給油した地点ではなく飛行する地間を基準にしているようです。
つまり、アメリカで給油した燃料であっても、日本に戻り日本国内だけで使用することとなる場合は、日本に戻ったときの空港にて「残存する航空機燃料税が課税されていない燃料」が課税対象となります(みなし積み込み)。
運航方法は色々あると思われますので、より具体的なお話で国税庁にご相談されれば、より明確になると思われます。
例えば、航空機の国籍は日本だが、今回はすぐにアメリカに戻るのにスポットの関係で他の日本の空港に移動し翌日出発、など。

Q2日本各地の飛行場を利用するので、納税地特例の承認はいただき納税自体は簡素化できたのですが、納税申告書に給油した空港・住所・数量を全部記入しなければならず、毎月大変でなりません。

毎月のことですので、大変だと思います。
そこで、国税庁では記載方法の簡素化のために小型航空機等の場合は「航空機燃料税特例積込場所届出書」を提出した場合に、給油地に関係なく特例納税地を積込場所として取り扱う(通達昭和59.2.21 間消4-5)ようです。
つまり、納税地特例の承認あるので航空機燃料税は届出した場所(特例納税地)を管轄する税務署にまとめて納めればよく、ただし納税申告書に全国各地の給油 した場所を記載していましたが、上記届出の後は、特例納税地一箇所を記載し、数量も当月分の全国の合計を記載し管轄税務署に提出可能となります。
国税庁のホームページで航空機燃料税にて検索したら、上記の通達がありました。当該届出書の様式もダウンロードできました。ご検討ください。

Q3航空機燃料税に消費税が課税されないのはなぜですか

事実、航空機燃料税に消費税は課税されていません。
｢税金に税金はかからない｣と説明出来ないところに消費税のややこしさがあるようです･･･。
税法上、明確に除外規定はないそうですが、次のような取り扱い基準上非課税となっていると説明されています。
　 まず消費税法基本通達10-1-11(個別消費税の取扱い)で、｢消費税法第28条第１項(課税標準)に･･･揮発油税、石油税･･等が含まれるが、軽油引取税･･･は、利用者等が納税義務者となっているのであるから･･･含まれない･･･。･･･。
つまり、納税義務者が譲渡者の場合は課税対象となり、譲受者の場合は非課税となる。
したがって、航空機燃料税の場合、納税義務者は、移入者すなわち譲受者なので非課税である。

Q4免税手続きをしても税金を納めるのだから何の為の免税手続きですか

ガソリン系の航空燃料と灯油系の航空燃料に関係する法律の違いを理解しないと、ややこしくなるようです。
まず、航空機燃料に関係する税金の大まかな説明をし、次に個々についてご説明します。
航空機燃料には航空機燃料税法が適用され、26円/Lの航空機燃料税が課せられることご承知の通り（2018年7月現在は18円/L）。
灯油系の航空燃料の場合は、この理解だけですむのですが、よく小型機に利用されるガソリン系の航空燃料の場合は、もう1つ理解しなければなりません。
それは、ガソリン系の場合、別の法律である揮発油税法が適用されるということです。免税手続きとは、この揮発油税法上の手続きです。
ガソリン系の場合、航空機燃料税26円と揮発油税(揮発油税と地方道路税、以下揮発油税)53.8円、二重の税金の対象となります。
そこで、揮発油税を免税するために免税手続きを取るのです。
余談ですが、よくご質問をいただく納税地特例は航空機燃料税法上のお話で、移入地特例は揮発油税法上のお話です。
したがって免税手続きに納税地特例は関係しません･･･。

Q5納税地特例の承認をもらいました地方の空港で給油したのですが届出書の処理はどうすればよいですか

｢届出書｣という事は、ガソリン系航空燃料を給油され、揮発油税航空機燃料用免税手続きとの前提でお話します。
原則として、届出書は当該移入地を管轄する税務署に提出(郵送可)します｡
したがって多くの場合、給油業者が移入証明書を提出する税務署と一致するようです｡

Q6納税地特例と移入地特例を取るにはどのような手続きを行えばよいか

納税地特例は、申請書二枚一組を承認を受けようとする場所を管轄する税務署に提出し(郵送の場合は切手を貼った返信用封筒を同封すること)、承認を取ります。
移入地特例は、納税地特例を承認された者がその税務署に、申請書を提出し承認を取ります｡
どちらも承認するのは国税庁長官です｡したがって、税務署を窓口として国税庁に申請する形になります｡

Q7移入地特例というのがあるそうですが、それはどのような事

航空ガソリンの揮発油税免税手続上の移入場所とは、航空機燃料の積込みが行われた場所であり、その所在地です｡
しかし、農薬散布の事業の性格上、飛行場以外の住所の特定できない山間部等で給油されることがあり、ここを移入場所として免税手続をおこなうことが事実上困難です｡
そこで使用事業者が移入する航空機燃料は、航空機燃料税の特例納税地をもって、移入場所とすることができる特例が設けられたそうです｡
この特例を、移入地特例と言っています｡
具体的な違いは、揮発油税航空機燃料用免税手続書類の｢移入場所の所在地及び名称｣に、どこの田畑、河川敷で移入しようと、特例納税地を記入することとなります｡

Q8納税地特例というのがあるそうですが、それはどのような事

原則として、航空機燃料税の納税地は航空機燃料(以下燃料)の積み込み又は取卸しの場所です。
従いまして、航空機燃料税の納税申告書は管轄税務署ごとに作成します。別々の15空港で転々と給油された場合15部作成し15箇所に申告することとなります｡
しかし、納税義務者のうちには、燃料の航空機への積込みが納税義務者の事務所や駐在員のいない場所において行われることが多く、この場合には、燃料の積込みに関する書類も通常は本社等で管理されているでしょう。
このような場合に、航空機燃料税の納税地を現実の燃料の積込み又は取卸の場所とすることは、納税義務者にとっても、税務当局にとっても現実的ではなく、その実行も困難です。
そこで、国税庁長官の承認を受けたときは、その承認を受けた場所を納税地とする特例が設けられたそうです｡　
この特例を、納税地特例と言っています｡
そしてこの場所が、特例納税地です。
具体的な違いは、航空機燃料税申告書の「納税地」欄が全国どこの空港で給油しても承認場所となり、｢積込み場所｣欄に税務署管轄にかかわりなく、給油した空港を全部記載し数量を合計して申告できることです。

Q9免税用紙が無いのですが免税になりますか

｢免税｣とは揮発油税と地方道路税の航空機燃料用免税と理解してお話しします。
残念ながら免税にはなりません。
航空機にAVG100LLを給油する際には必ず免税用紙(4枚１組)をご用意下さい。
この用紙が無いと航空機へ給油したという証明が出来ませんので、揮発油税と地方道路税が課税されてしまいます。
この用紙は各飛行場ごとに必要ですので、他の飛行場で給油をする予定がある場合は必ずご持参下さい。(航空燃料税のあらまし｢納税地』参照)
※免税用紙が無い場合は給油をお断りすることもあります。

Q10JET A-1を給油する際も免税用紙は必要ですか

JET A-1は揮発油税の課税物件に該当するのですが、灯油免税の手続きを製造所等で行っているので、その後の免税手続きは行いません。
航空機に使った場合には航空機燃料税を支払うことになります。

Q11AVG100LLを航空用以外に使った場合の税金はどのようになりますか

車用のガソリンと違い、航空用ガソリンには税金は含まれていないので、別途、揮発油税(48円60銭/L)と地方道路税(5円20銭/L)がかかります(合計53円80銭/L)。

Q12燃料税関係の税務書類を提出する期限はあるのでしょうか

翌月末までに申告及び納付しなければなりません｡

Q13航空機を今回初めて購入したのですが、燃料税に関しどのような手続きをとればよいか

航空機燃料税手続きや、航空ガソリンの場合の航空機燃料用免税手続き上、前もってしなければならないことは無いようです｡
実際燃料を給油した場合に、翌月末までに申告することになります｡
ただし、いろんな飛行場を利用される場合各空港ごとに書類を作成して、各々の管轄税務署に申告することになり、手続きが大変になります。
そこで、納税地特例(Q6参照)を前もって承認申請しておけば後が楽になるようです。
場所にもよりますが、承認には一ヶ月近くの期間を要しているようです｡