毎月のことですので、大変だと思います。
そこで、国税庁では記載方法の簡素化のために小型航空機等の場合は「航空機燃料税特例積込場所届出書」を提出した場合に、給油地に関係なく特例納税地を積込場所として取り扱う(通達昭和59.2.21 間消4-5)ようです。
つまり、納税地特例の承認あるので航空機燃料税は届出した場所(特例納税地)を管轄する税務署にまとめて納めればよく、ただし納税申告書に全国各地の給油 した場所を記載していましたが、上記届出の後は、特例納税地一箇所を記載し、数量も当月分の全国の合計を記載し管轄税務署に提出可能となります。
国税庁のホームページで航空機燃料税にて検索したら、上記の通達がありました。当該届出書の様式もダウンロードできました。ご検討ください。