「届出書」という事は、ガソリン系航空燃料を給油され、揮発油税航空機燃料用免税手続きとの前提でお話します。
原則として、届出書は当該移入地を管轄する税務署に提出(郵送可)します。
したがって多くの場合、給油業者が移入証明書を提出する税務署と一致するようです。