納税地特例は、申請書二枚一組を承認を受けようとする場所を管轄する税務署に提出し(郵送の場合は切手を貼った返信用封筒を同封すること)、承認を取ります。
移入地特例は、納税地特例を承認された者がその税務署に、申請書を提出し承認を取ります。
どちらも承認するのは国税庁長官です。したがって、税務署を窓口として国税庁に申請する形になります。